لزوم تطبیق و به روز کردن آیین دادرسی کیفری با قانون مجازات اسلامی(1392) از جمله ضروریاتی است که باید مورد نظر مقنن قرار گیرد تا حقوق شهروندی رعایت و خلأهای قانونی مرتفع شوند. لایحه آیین دادرسی کیفری  در شش باب تدوین شده  که ملهم از شرع، اصول محاکمات جزایی(1290) و  قانون آیین دادرسی کیفری است که در ذیل بررسی می‌شود.

اين باب مشتمل بر دو فصل «تعريف آيين دادرسي كيفري و اصول دادرسي منصفانه» و «دعواي عمومي و دعواي خصوصي» است. در اين باب، تدوين كنندگان لايحه با توجه به ماده مقدماتي قانون آيين دادرسي كيفري فرانسه و به پيروي از ماده ۱۴ ميثاق بين‌المللي حقوق مدني و سياسي، در فصل نخست، اصول و قواعد مسلم آيين دادرسي كيفري را كه در يك «دولت قانون» همواره مورد توجه و تاكيد است پيش بيني کرده‌اند. در فصل دوم این باب، تدوين كنندگان لايحه، با ارایه تعريف بزه ديده و تفكيك شاكي از مدعي خصوصي، يك مورد به موارد موقوفي تعقيب يعني «توبه متهم در موارد پيش بيني شده در قانون» افزوده‌اند و در اين فصل، لايحه بارديگر با توجه به قانون اصول محاكمات جزايي ۱۲۹۰، از ضرر و زيان معنوي سخن گفته است و ضمن تعريف آن، امكان مطالبه هزينه‌هاي متعارف درمان را كه مازاد بر ميزان ديه باشند مطابق با نظر كارشناس پذيرفته است.

قسمت نخست باب دوم در مورد «ضابطان دادگستري و تكاليف آنها» است. لايحه در اين فصل به احصاي دقيق ضابطان دادگستري و پيش بيني پليس قضايي به عنوان يكي از ضابطان دادگستري و تعيين تكاليف و اقدامات آن پرداخته است. تدوين كنندگان لايحه در مقام تعيين جرايم مشهود، موردي را كه متهم بلافاصله پس از وقوع جرم خود را معرفي و وقوع آن‌را خبر دهد نيز در زمره جرايم مشهود قرار داده‌اند و حتي به همه شهروندان اجازه داده‌اند در غياب ضابطان اقدامات لازم را براي جلوگيري از فرار مرتكب و حفظ صحنه جرم به عمل آورند. فصل بعدی اين باب درباره «وظايف و اختيارات دادستان» است. يكي از نوآوري‌هاي اين لايحه، تعيين سازمان‌هاي غيردولتي است كه در زمينه حمايت از اطفال، زنان، اشخاص بيمار و داراي ناراحتي جسمي يا ذهني، محيط زيست، منابع طبيعي، ميراث فرهنگي، بهداشت عمومي و حمايت از حقوق شهروندان فعاليت مي‌كنند و به عنوان شاكي در صورت وقوع جرم می‌توانند حضور داشته باشند. باید اضافه کرد که در اين لايحه، به تبعيت از الزامات حقوق بشري، اختيارات دادستان محدود شده است به طوری که دادستان حق ندارد كسي را بازداشت يا به تحقيقات مقدماتي اقدام كند و در همين حال، بايد با حضور در دادگاه در مقام اثبات اتهامات برآيد. در لايحه جديد اختيارات جديدي نيز براي دادستان در مقام حفظ نظم و امنيت در جامعه پيش بيني شده است. اضافه بر آن در فصل سوم باب دوم يعني «اختيارات و وظايف بازپرس» كه خود مشتمل بر دو مبحث است، تدوين كنندگان لايحه تحقيقات مقدماتي تمام جرایم را بر عهده بازپرس گذاشته‌اند و آورده‌اند كه بازپرس بايد در كمال بي‌طرفي و در محدوده اختيارات قانوني، تحقيقات را انجام داده و در كشف اوضاع و احوالي كه به نفع يا ضرر متهم است، فرق نگذارد  و در اين مورد اخير حتي براي بازپرس محكوميت انتظامي تا درجه چهار پيش بيني شده است. در فصل چهارم نیز با عنوان «معاينه محل، تحقيق محلي، بازپرسي و كارشناسي» حضور بازپرس شخصاً و در اسرع وقت در برخي جرايم پيش بيني شده است. فصل پنجم باب دوم نیز تحت عنوان «احضار و تحقيق از متهم، شهود و مطلعان» خود به دو مبحث تقسيم شده است. استفاده از سامانه‌هاي رايانه‌اي و مخابراتي براي طرح شكايت يا دعوا، ارجاع پرونده، احضار متهم، ابلاغ اوراق قضايي و نيابت قضايي و واگذاري ابلاغ اوراق قضايي به بخش خصوصي از نوآوري‌هاي تدوين‌كنندگان اين لايحه بوده و از همه مهم‌تر اينكه متهم مي‌تواند در مرحله تحقيقات مقدماتي، يك وكيل دادگستري به همراه داشته باشد و حتي اين حق بايد پيش از شروع به تحقيق توسط بازپرس به متهم ابلاغ و تفهيم شود. در فصل ششم باب دوم لایحه نیز به موضوع «قرارهاي تامين و نظارت قضايي» پرداخته است. در فصل آخر اين باب، در خصوص اقدامات بازپرس و دادستان پس از ختم تحقيقات موادي ذكر شده است.

اين باب مشتمل بر شش فصل بوده که فصل نخست اين باب، تحت عنوان «تشكيلات و صلاحيت دادگاه‌هاي كيفري» ، دادگاه‌هاي كيفري را به سه دسته تقسيم كرده است: الف- دادگاه‌هاي كيفري عمومي كه صلاحيت رسيدگي به تمام جرايم را دارد مگر آنچه كه به موجب قانون در صلاحيت مرجع ديگري باشد؛ ب- دادگاه‌هاي جنايي كه صلاحيت رسيدگي به جرايم مستوجب سلب حيات، مجازات قطع يا قصاص عضو، مجازات حداكثر بيش از سه سال حبس و حبس ابد و جرايم سياسي و مطبوعاتي را دارد؛ ج – دادگاه انقلاب كه صلاحيت آن نیز تعيين شده است. فصل دوم اين باب نیز كه خود مشتمل بر پنج مبحث است براي نخستين بار در آيين دادرسي كيفري ايران «ادله اثبات در امور كيفري» را مطرح مي‌سازد و ادله در امور كيفري را اقرار، شهادت، علم قاضي و سوگند دانسته و قسامه را براي اثبات يا نفي كيفر قصاص و ديه معتبر مي‌داند. در فصل سوم این باب «رسيدگي در دادگاه كيفري» مورد توجه قرار گرفته است و سه مورد براي شروع رسيدگي دادگاه كيفري آمده است: الف- صدور كيفرخواست؛ ب- صدور قرار جلب به دادرسي توسط دادگاه؛ ج- بيان ادعاي شفاهي دادستان در دادگاه، همچنین در تمام امور كيفري، طرفين مي‌توانند وكيل يا وكلاي مدافع خود را معرفي كنند  و متهم مي‌تواند تا پايان نخستين جلسه رسيدگي از دادگاه تقاضاي وكيل داشته باشد. در فصل چهارم باب سوم لایحه «رسيدگي در دادگاه جنايي» مطرح شده و به اصحاب دعوا اجازه داده شده است تا هر كدام حداكثر سه وكيل به دادگاه معرفي كنند و بسياري از مواد اين فصل با توجه به سابقه داشتن دادگاه جنايي در نظام دادرسي كيفري ايران، تلفيقي از نوآوري‌هاي تدوين كنندگان لايحه با مقررات قانون اصول محاكمات جزايي (ماده ۱۸۱ به بعد) و قوانين آيين دادرسي كيفري فرانسه (ماده ۲۳۱ به بعد) است. و در نهایت فصل پنجم این باب موضوع «احاله» و فصل ششم «رد دادرس» را مطرح کرده‌اند.

تدوين كنندگان لايحه چهار فصل از باب چهارم را به مراحل پژوهش‌خواهي و فرجام‌خواهي اختصاص داده و جهات فرجام و پژوهش را تعيين کرده‌اند و در نهايت در مورد احكام قطعي نيز موضوع اعاده دادرسي را پذيرفته‌اند.

مهمترين نوآوري‌هاي اين باب را مي‌توان پيش‌بيني «معاونت اجراي احكام كيفري»، «واحد سجل كيفري و عفو و بخشودگي»، «قاضي اجراي احكام كيفري»، اجراي قرار «تعليق مجازات»، «آزادي مشروط»، «قرار تعويق تعيين كيفري»، «نظام نيمه آزادي» و «آزادي تحت نظارت سيستم هاي الكترونيكي» دانست. 

مهم‌ترين نوآوري‌هاي اين باب پيش‌بيني «مركز ملي تنظيم و ثبت پرونده هاي كيفري»، اعلام مشخصات و سمت مرتكب، عنوان جرم ارتكابي در  پايگاه اطلاع رساني قوه قضایيه يا روزنامه‌هاي كثيرالانتشار است.